La Fraternidad Franciscana de Martos está compuesta de cinco frailes menores presbíteros, que tienen a su cargo el Colegio de san Antonio, las capellanías de las Madres de los Desamparados y las Madres Trinitarias, y las parroquias de San Amador y de San Francisco de Asís.
En esta nuestra parroquia trabajan el párroco Fray José Luis Gavarrón y el Vicario Fray Juan José Rodríguez que a su vez es el Guardián de la Fraternidad y Director del Colegio. También esporádicamente colaboran los otros miembros de la fraternidad.

Ya antes de la Desamortización hubo un convento regido por la Orden de Frailes Menores situado en el solar en donde ahora radica la Parroquia de San Francisco, del Convento solo queda la portada.

Varias generaciones de marteños han pasado tanto por el Colegio como por las parroquias franciscanas, creándose un lazo afectivo y fraternal.

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